L'élevage des chèvres est traditionnel dans le Sancerrois dès le XVI° siècle.
Les chèvres sont présentes dans toutes les exploitations de l'époque où chèvres et vigne se côtoient. On y cultivait quelques ares de vignes, de céréales, de fourrage et on y élevait quelques chèvres.

La chèvre, appelée la vache du pauvre car peu exigeante en nourriture, satisfait le consommation journalière en lait et fromages et apporte même un complément de revenu.

Le lait produit par les quelques chèvres ne permet pas de faire de gros fromages. La taille du Chavignol est liée à son histoire et elle lui confère des spécificités certaines.

A la fin du XIX°, l'attaque de phylloxera sur le vignoble libère des parcelles pour le pacage des chèvres et contribue au développement de la production du lait de chèvre qui gagne la Champagne Berrichonne, le Pays-Fort et le Val de Loire.

Dès les années 1900 apparaissent les premiers affineurs qui, notamment grâce aux moyens de transport et à l'installation de la ligne de chemin de fer Paris/Nevers, couvriront les marchés de la capitale.

L'origine du nom "Crottin de Chavignol" est cependant plus difficile à dater avec certitude. On pense que le nom viendrait du terme berrichon "crot" qui signifie trou. Les crots désignaient notamment les bords des rivières où les femmes venaient laver leur linge. La terre argileuse qui bordait ces "crots" était utilisée par les paysans qui en firent d’abord des petites lampes à huile puis des moules à fromage. "Crot" aurait donné naissance à crottin.

On retrouve des écrits datant de 1829 où un inspecteur des contributions directes et du cadastre du Cher note sous la rubrique "chèvre" :

C’est au début des années 70 que les professionnels s’unissent pour demander la reconnaissance de leur fromage en AOC afin de le préserver et d’apporter des garanties d’authenticité au consommateur.

Le Crottin de Chavignol est reconnu en Appellation d'Origine Contrôlée depuis 1976.